La pandémie actuelle du Covid-19 impose une stratégie diagnostique pour la prise en charge des patients. La performance du frottis nasopharyngé avec analyse par PCR peut être estimée sur la base des premières données bibliographiques. Celles-ci, certes de qualité faible, montrent une sensibilité de 56 à 83 % pour la PCR Covid-19. Un seul test négatif permet d’infirmer un Covid-19 dans la majorité des situations. Cependant, comme la valeur prédictive négative du test se situe entre 84 et 93 % en cas de probabilité prétest de 30 %, il est indispensable d’assurer le suivi de ces patients. Pour ceux qui présentent des symptômes typiques, qui auraient une probabilité prétest présumée à 40-50 %, un test négatif doit être interprété avec précaution et un deuxième test peut être indiqué.
Dans le contexte de la pandémie Covid-19,1 le nombre de malades et de décès augmente très rapidement en Suisse et au niveau mondial.2 L’évaluation des caractéristiques diagnostiques du frottis nasopharyngé-PCR est importante pour la prise en charge des patients. Rappelons que la probabilité d’être détecté positif est liée à la charge virale et dépend de la durée des symptômes et de la sévérité de la maladie.
Plusieurs études ont évalué les propriétés du frottis nasopharyngé-PCR en comparaison avec des examens radiologiques (tableau 1).3 La qualité des études concernant la sensibilité est faible et les détails quant aux caractéristiques des patients et le gold standard utilisé sont maigres (selon le tableau 1).
Sensibilité du frottis nasopharyngé-PCR pour la détection du Covid-19
D’après les données bibliographiques à disposition, la sensibilité peut être estimée entre 56 et 83 %. Dès lors, sur la base de cette estimation de la sensibilité et d’une spécificité excellente à 99 % (quasiment pas de faux-positifs), nous avons calculé les valeurs prédictives positives (VPP) et négatives (VPN) en fonction de la prévalence de Covid-19 au sein de la population dont est issu le patient (probabilité prétest) (figure 1).
Rendement diagnostique du frottis nasopharyngé-PCR Covid-19
Rendement diagnostique du frottis nasopharyngé-PCR pour la maladie Covid-19 selon la prévalence supposée de la maladie au sein de la population dont est issu le patient (probabilité prétest)VPP : valeur prédictive positive = probabilité d’avoir la maladie sachant que le test est positif ; VPN : valeur prédictive négative = probabilité de ne pas avoir la maladie sachant que le test est négatif.
En conclusion, un test PCR Covid-19 négatif doit être évalué en prenant en considération la prévalence et la probabilité prétest de la maladie dans la population testée. La VPN, qui diminue avec l’augmentation de la prévalence, doit être interprétée avec prudence, et un auto-isolement est indiqué pour tout patient présentant des symptômes typiques de virose. Un deuxième test peut être indiqué pour le patient qui présente plusieurs symptômes typiques de Covid-19 et qui aurait une probabilité prétest de 40-50 %.
Les auteurs n’ont déclaré aucun conflit d’intérêts en relation avec cet article.
▪ La performance du frottis nasopharyngé-PCR Covid-19, dont la sensibilité se situe entre 56 et 83 %, doit être considérée en fonction de la prévalence de la maladie dans la population testée
▪ Pour une probabilité prétest de 30 %, la valeur prédictive négative se situe entre 84 et 93 % ; il est indispensable d’assurer un suivi de ces patients
▪ Chez un patient avec plusieurs symptômes typiques et qui aurait une probabilité prétest de 40 à 50 %, un test négatif doit être interprété avec précaution et un deuxième test peut être indiqué
▪ Il n’y a pas de données sur la reproductibilité du frottis nasopharyngé pour un soignant donné (variabilité intraobservateur) et entre plusieurs soignants (variabilité interobservateurs)
La pandémie actuelle du Covid-19 impose une stratégie diagnostique pour la prise en charge des patients. La performance du frottis nasopharyngé avec analyse par PCR peut être estimée sur la base des premières données bibliographiques. Celles-ci, certes de qualité faible, montrent une sensibilité de 56 à 83 % pour la PCR Covid-19. Un seul test négatif permet d’infirmer un Covid-19 dans la majorité des situations. Cependant, comme la valeur prédictive négative du test se situe entre 84 et 93 % en cas de probabilité prétest de 30 %, il est indispensable d’assurer le suivi de ces patients. Pour ceux qui présentent des symptômes typiques, qui auraient une probabilité prétest présumée à 40-50 %, un test négatif doit être interprété avec précaution et un deuxième test peut être indiqué.
