Performance du frottis nasopharyngé-PCR pour le diagnostic du Covid-19. Recommandations pratiques sur la base des premières données scientifiques

Introduction

Dans le contexte de la pandémie Covid-19,¹ le nombre de ­malades et de décès augmente très rapidement en Suisse et au niveau mondial.² L’évaluation des caractéristiques diagnostiques du frottis nasopharyngé-PCR est importante pour la prise en charge des patients. Rappelons que la probabilité d’être détecté positif est liée à la charge virale et dépend de la durée des symptômes et de la sévérité de la maladie.

Plusieurs études ont évalué les propriétés du frottis nasopharyngé-PCR en comparaison avec des examens radiologiques (tableau 1).³ La qualité des études concernant la sensibilité est faible et les détails quant aux caractéristiques des patients et le gold standard utilisé sont maigres (selon le tableau 1).

Tableau 1

Sensibilité du frottis nasopharyngé-PCR pour la détection du Covid-19

Performance du frottis pcr covid-19

D’après les données bibliographiques à disposition, la sensi­bilité peut être estimée entre 56 et 83 %. Dès lors, sur la base de cette estimation de la ­sensibilité et d’une spécificité ­excellente à 99 % (quasiment pas de faux-positifs), nous avons calculé les valeurs prédictives positives (VPP) et négatives (VPN) en fonction de la prévalence de Covid-19 au sein de la population dont est issu le patient (probabilité prétest) (figure 1).

Fig 1

Rendement diagnostique du frottis nasopharyngé-PCR Covid-19

Rendement diagnostique du frottis nasopharyngé-PCR pour la maladie Covid-19 selon la prévalence supposée de la maladie au sein de la population dont est issu le patient (probabilité prétest)VPP : valeur prédictive positive = probabilité d’avoir la maladie sachant que le test est positif ; VPN : valeur prédictive négative = probabilité de ne pas avoir la maladie sachant que le test est négatif.

Situation actuelle – synthèse

• La littérature actuelle concernant la performance de la PCR Covid-19 contient des études de faible qualité.
• Nous constatons que la VPP du frottis nasopharyngé-PCR est très élevée, quelle que soit la probabilité prétest.
• La VPN du frottis est suffisamment élevée pour écarter un diagnostic de Covid-19 si la prévalence de la maladie dans la population dont est ­issue le patient est basse.
• Cette VPN diminue avec l’augmentation de cette prévalence.
• Actuellement, la probabilité prétest du Covid-19 est de 20 à 30 % aux permanences d’Unisanté à Lausanne (Permanences du Flon et au Bugnon 44).
• Dans la mesure où le test a été effectué selon les recommandations, nous estimons que la VPN est suffisamment élevée pour exclure un Covid-19. Cependant, comme elle se situe entre 88 et 95 %, il est indispensable d’assurer le suivi de ces patients.
• Chez un patient qui cumule plusieurs symptômes typiques et qui aurait une probabilité prétest de 40 à 50 %, un test négatif doit être interprété avec précaution et un deuxième test peut être indiqué.
• Nous ne disposons actuellement pas de données sur la ­reproductibilité du frottis nasopharyngé pour un soignant donné (variabilité intraobservateur) et entre plusieurs ­soignants (variabilité interobservateurs).
• Nos recommandations présupposent que le test a été ­effectué selon les recommandations.⁴
• Nos recommandations présupposent une excellente perfor­mance analytique, comme c’est le cas dans les laboratoires agréés de Suisse.

Recommandations

• Un seul test négatif permet d’exclure un Covid-19 dans la plupart des situations.
• Il est indispensable d’assurer le suivi de ces patients (VPN 88 à 95 %) et leur recommander l’auto-isolement strict, ­selon les recommandations en vigueur pour le Covid-19 (10 jours après le début des symptômes et 48 heures sans symptômes, actuellement).
• Un deuxième test peut être indiqué chez un patient qui ­cumule plusieurs symptômes typiques et qui aurait une probabilité prétest de 40 à 50 %. Dans ces situations, un test négatif doit être interprété avec précaution.
• Même le célèbre quotidien New York Times met en garde ses lecteurs concernant les limites du frottis nasopharyngé-PCR Covid-19.⁸

Conclusion

En conclusion, un test PCR Covid-19 négatif doit être évalué en prenant en considération la prévalence et la probabilité prétest de la maladie dans la population testée. La VPN, qui diminue avec l’augmentation de la prévalence, doit être ­interprétée avec prudence, et un auto-isolement est indiqué pour tout patient présentant des symptômes typiques de ­virose. Un deuxième test peut être indiqué pour le patient qui présente plusieurs symptômes typiques de Covid-19 et qui ­aurait une probabilité prétest de 40-50 %.

Conflit d’intérêts :

Les auteurs n’ont déclaré aucun conflit d’intérêts en relation avec cet article.